Το βασικό συστατικό του κόμμεος ξανθάνης είναι η αλυσίδα πολυσακχαρίτη ξανθάνης-ένας φυσικός πολυσακχαρίτης που αποτελείται από επαναλαμβανόμενες μονάδες πεντασακχαρίτη. Η ραχοκοκαλιά του πολυσακχαρίτη αποτελείται κυρίως από γλυκόζη, ενώ οι πλευρικές αλυσίδες που διακλαδίζονται από τη ραχοκοκαλιά περιέχουν μαννόζη και γλυκουρονικό οξύ. Η γλυκόζη παρέχει δομική σταθερότητα και σχηματίζει τον θεμελιώδη σκελετό, ενώ οι πλευρικές αλυσίδες που σχηματίζονται από τη μαννόζη και το γλυκουρονικό οξύ όχι μόνο ενισχύουν την τρισδιάστατη χωρική δομή του μορίου αλλά επίσης προσδίδουν στο κόμμι ξανθάνης ισχυρή υδατοδιαλυτότητα και κολλοειδείς ιδιότητες. Είναι ακριβώς αυτή η μοναδική δομή πολυσακχαρίτη που επιτρέπει στο κόμμι ξανθάνης να δημιουργεί υψηλό ιξώδες ακόμη και σε χαμηλές συγκεντρώσεις και να παρουσιάζει εξαιρετική σταθερότητα.
Τα υπολείμματα γλυκουρονικού οξέος εντός των αλυσίδων πολυσακχαρίτη ξανθάνης περιέχουν καρβοξυλομάδες. κατά τη διάρκεια της επεξεργασίας, αυτές οι καρβοξυλομάδες μπορούν να σχηματίσουν άλατα με μεταλλικά ιόντα-όπως νάτριο, κάλιο ή ασβέστιο-για την παραγωγή κόμμεος ξανθάνης. Αυτές οι καρβοξυλικές ομάδες είναι ο κύριος λόγος που το κόμμι ξανθάνης διαλύεται στο νερό και σχηματίζει κολλοειδείς διασπορές. Προσδίδουν στο κόμμι ξανθάνης αντίσταση στα οξέα, τις βάσεις, τα άλατα και τη θερμότητα, ενώ προκαλούν επίσης στα διαλύματά του να παρουσιάζουν ξεχωριστή συμπεριφορά μη{4}}Νευτώνειου υγρού. Επιπλέον, προσαρμόζοντας τον τύπο και την αναλογία των διαφόρων μεταλλικών ιόντων που χρησιμοποιούνται, το ιξώδες και οι ρεολογικές ιδιότητες του κόμμεος ξανθάνης μπορούν να προσαρμοστούν ώστε να ανταποκρίνονται στις ειδικές απαιτήσεις διαφορετικών βιομηχανικών τομέων.
Εκτός από τις πρωτογενείς αλυσίδες πολυσακχαρίτη και τις καρβοξυλικές ομάδες, το κόμμι ξανθάνης μπορεί επίσης να περιέχει ίχνη υπολειμματικών σακχάρων, πρωτεϊνών ή ανόργανων αλάτων. Αυτά τα δευτερεύοντα συστατικά προέρχονται τυπικά από τις διαδικασίες μικροβιακής ζύμωσης ή καθαρισμού. Αν και υπάρχουν σε εξαιρετικά χαμηλές συγκεντρώσεις, αυτά τα ιχνοστοιχεία ενδέχεται, σε ορισμένες εφαρμογές, να επηρεάσουν ελαφρώς το ιξώδες ή τη σταθερότητα του διαλύματος που προκύπτει.
